package jebl.evolution.align.scores;

public class Blosum45 extends AminoAcidScores {

  private final float[][] residueScores = {

            /*  A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V */
            {   5},
            {  -2,  7},
            {  -1,  0,  6},
            {  -2, -1,  2,  7},
            {  -1, -3, -2, -3, 12},
            {  -1,  1,  0,  0, -3,  6},
            {  -1,  0,  0,  2, -3,  2,  6},
            {   0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  7},
            {  -2,  0,  1,  0, -3,  1,  0, -2, 10},
            {  -1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3,  5},
            {  -1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2,  2,  5},
            {  -1,  3,  0,  0, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -3,  5},
            {  -1, -1, -2, -3, -2,  0, -2, -2,  0,  2,  2, -1,  6},
            {  -2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2,  0,  1, -3,  0,  8},
            {  -1, -2, -2, -1, -4, -1,  0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3,  9},
            {   1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1,  4},
            {   0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1,  2,  5},
            {  -2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2,  1, -3, -4, -3, 15},
            {  -2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3,  2,  0,  0, -1,  0,  3, -3, -2, -1,  3,  8},
            {   0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3,  3,  1, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -3, -1,  5}};

    public Blosum45() { buildScores(residueScores); }

    public String getName() { return "Blosum45"; }
}
